Pôle méthodologies et statistiques

Guillemette Antoni (1 ETP) : Participation à la conception de projets de recherche clinique : aide au choix du plan expérimental, à l’estimation du nombre de sujets nécessaires, à la rédaction du projet ; Valorisation des données : analyses statistiques ; Conseil statistique.

Fanny Artaud (0.5ETP) : Conseil statistiques spécialisé dans les méthodes liées aux données longitudinales : modèles longitudinaux (modèles de trajectoires, modèles à variables latentes…), modèles de survie avancés (modèles à risques concurrents, modèles multi-états), modèles conjoints ; organisation de séminaires liés à ces méthodes.

Caroline Barry (0,5 ETP) : Co-responsable du pôle ; Participation à la conception/rédaction de projets de recherche en santé mentale ; Expertise et accompagnement méthodologique ; Valorisation et partage des données.

Christine Hassler (0,5 ETP) : Conseil règlementaire ; Conception de questionnaire ; Enquêtes Santé Mentale en milieu scolaire ; Développements méthodologiques. Conseils en analyse qualitative de corpus de données.

Angela Jackson (1 ETP) : Gestion de base de données ; Procédures qualité ; Sécurité des données ; Mission de conseil sur la collecte des données (scraping), le tri, la manipulation et la structuration de la donnée (data crunching). Définition et optimisation des bons moyens de stockage des données en adéquation avec les spécificités d’usage. Procédures qualité et sécurité des données. Correspondante auprès du Pôle Recherche Clinique et du DPO Inserm pour le CESP.

Mojgan Karimi (0,5 ETP) : Accompagnement en bio-informatique et analyse de données -omiques avec R, Python et Bash ; développement de projets d’analyse et mise en place de pipelines automatisé ; formations pour la prise en main des données de génotypage.

Yves Koudou (0,5 ETP) : Réalisation de projets d’analyse (randomisation mendélienne, GWAS) ; Conseil statistique

Oriane Lambert (0,5 ETP) : Conseil en programmation R et en statistiques ; Réalisation de projets d’analyse (modèles prédictifs) ; formations en programmation R et en analyses de données.

Marie Metzger (0,5 ETP) : Co-responsable du pôle ; Conseil statistique ; Analyse et valorisation des données ; Correspondante formation scientifique pour le CESP ; Correspondante SNDS (formations et accès permanent) pour le CESP

Mohamed Sedki (0,2 ETP) : Conseil statistique spécialisé : méthodes d'apprentissage supervisé en grande dimension (Méthodes de régression et classification pénalisées par lasso, ridge, etc, arbres de décision, gradient boosting, forêts aléatoires et SVM) ; Clustering et choix de modèles ; Conseil pour la parallèlisation de code R et conception de librairies R. 

Principaux projets soutenus en 2024

• Etude épidémiologique sur les facteurs de risque suicidaire chez les adolescents pris en charge pour un trouble dépressif (MOODS)
• Enquêtes transversales sur la santé mentale des étudiants en santé (médecine, sage-femmes et kinés) (MOODS)
• Projet Adopsy : Dépistage des troubles anxieux, dépressifs, hyperphagiques boulimiques chez l’adolescent hospitalisé pour obésité commune à partir d’une étude mixte (PsyDev)
• Cohorte FCCSS (French childhood cancer survivor study) : étude des personnes ayant survécu à un cancer pédiatrique (Cancer & Radiations)
• Projet européen HARMONIC : effets sur la santé de la fluoroscopie cardiaque et de la radiothérapie moderne en pédiatrie (Cancer & Radiation)
• Etude de cohorte multicentrique Premonition : prévision de l'instabilité hémodynamique lors de l'élimination des fluides chez les patients en phase aiguë souffrant d'une lésion rénale aiguë oligoanurique (Epidémiologie Clinique)
• Projet RESISTE : dépistage du cancer du col de l’utérus chez les femmes âgées de 30 à 65 ans non à jour de leur dépistage et habitant dans des zones socio-économiquement défavorisés (Soins primaires et prévention)
• Enquête ADOMA : antibiothérapie différée en médecine générale, exemple de l’otite moyenne aiguë chez les adultes et les enfants de plus de 6 mois (Soins primaires et prévention)
• Cohorte multi-centrique Premonition : prévision de l'instabilité hémodynamique lors de l'élimination des fluides chez les patients en phase aiguë souffrant d'une lésion rénale aiguë oligoanurique (Epidémiologie Clinique)
• Cohorte CKD-REIN : analyses pan-génomiques pour le consortium international CKDGen (Epidémiologie Clinique)
• Etude cas-témoins CLOECAPA, exposition au Chlordéchone …. (Exposome & Hérédité)
• Hébergement des données UK Biobank sur serveur Oygen4 (Exposome & Hérédité)
• Optimisation du temps de calcul pour l’inférence autour de la pléiotropie (Exposome & Hérédité)
• Validation et exploitation des données de signatures mutationnelles (Exposome & Hérédité)

Formations organisées depuis 2019:

• Bonnes pratiques et outils pour la reproductibilité sous R (Oriane Lambert)  5 sessions en 2024
• Introduction aux splines de régression (Yves Koudou) : Octobre 2023
• Prise en main du logiciel RedCap (Angela Jackson) : Mars 2023
• Formation NVIVO niveau débutant PMS (Isabelle Cailbault) : Octobre 2021
• Optimisation code et parallèlisation avec R (Mohammed Sedki) : Sept 2021
• Gestion des données manquantes avec R (JP Garsi) Janv 2021
• Visualisation des données avec R (Yves Koudou) : Sept 2020
• Manipuler autrement des données avec R : introduction au Tidyverse (Henri Panjo) : mai 2020
• Visualiser des données avec R : introduction au package ggplots2 (Yves Koudou) : 
• Prise en main REDCap (T Valero, 1 jour) : octobre 2019
• Optimisation programmation sous R (André Gillibert, 1 jour) : septembre 2019
• SAS Perfectionnement (Olivier Decourt) : septembre 2019
• R pour les data sciences  (Mohammed Sedki) : mars 2019

Séminaires - Rencontres

 Séminaire sur les méthodes liées aux données longitudinales (contact inscription Fanny Artaud), depuis 2021

• 30/04/2021 Modèles multi-états - Fanny Artaud (Exposome et Hérédité / Pôle MS)
• 25/06/2021 Modèles à risques concurrents - Sophie Novelli (Epidémiologie clinique)
• 29/10/2021 Modèles conjoints - Henri Panjo (Soins primaires et prévention)
• 17/12/2021 Modèles de vie accélérée - André Gilibert (Unité de Biostatistique du CHU de Rouen)
• 18/02/2022 Modèles conjoints - 2ème partie - Maryam Karimi (Oncostat)
• 22/04/2022 Stratégie de voie d'abord en hémodialyse et pronostic associé (imputation multiple, score de propension et modèle joint pour évènements récurrents et décès) - Natalia Alencar de Pinho (Epidémiologie clinique)
• 30/06/2022 Méthodes et outils pour la création de données synthétiques - Raphaël Martin (Pôle MS)
• 12/10/2022 L’analyse de séquences : visualiser et classifier des données longitudinales catégorielles - Clara Dugord (Soins primaires et prévention)
• 06/01/2023 Efficacité vaccinale en vie réelle et impact de la vaccination contre les diarrhées à Rotavirus en République Démocratique du Congo - Christophe Luhata (Epidémiologie clinique)
• 17/02/2023 Co-trajectoires des conduites addictives et impact sur l’emploi - Sofiane Kab (Constances)
• 21/04/2023 Modèles mixtes à variable latente : application à partir de l’association entre l’activité physique et la maladie de Parkinson dans E3N - Fanny Artaud (Exposome et Hérédité / Pôle MS)
• 30/06/2023 Les splines dans le cadre de la modélisation de trajectoire de fonction rénale - Abdel-Hay Tabcheh (Epidémiologie clinique)
• 27/10/2023 Trajectoires de consommation d’opioïdes chez les patients adultes traités pour un cancer dans l’enfance - Boris Schwartz (Epidémiologie des radiations)
• 01/03/2024 Analyses de trajectoires : exemples de méthodologies à utiliser avec des données répétées - Fanny Artaud (Exposome et Hérédité / Pôle MS)

   Rencontre ingénieurs (bio)statisticien, méthodologiste et épidémiologiste du CESP (contact inscription Guillemette Antoni)

• 25/11/2022 Analyse textuelle - Mohammed Sedki (Pôle MS)
• 27/01/2023 Prédiction d'événements cardiovasculaires à partir de données peptidomiques - Oriane Lambert (Epidémiologie clinique / Pôle MS)
• 31/03/2023 Confusion cachée et variable instrumentale - Guillemette Antoni (Pôle MS)
• 26/05/2023 Epidémiologie génétique de l'asthme : analyse de la voie du stress oxydant - Laurent Orsi (Epidémiologie Respiratoire et Intégrative)
• 29/09/2023 DAG - Pauline Frenoy (Exposome et Hérédité)
• 24/11/2023 Essai randomisé en cluster - Guillemette Antoni (Pôle MS)
• 29/03/2024 Dioxyde de titane dans les médicaments: état des lieux et impact sur le risque de cancer - Agnès Fournier Exposome et Hérédité)